רפואה פונקציונלית , בדומה לרפואה קונבנציונלית, מבוססת על כל הפיזיולוגיה והפתופיזיולוגיה, ביוכימיה, פתולוגיה ושאר המקצועות השונים העומדים בבסיס הרפואה הקונבנציונלית אלא שההסתכלות היא רחבה יותר ועמוקה יותר.
ברפואה הפונקציונלית אנו שואלים כיצד ומדוע מתרחשת מחלה , למה דווקא לאדם זה, למה דווקא עכשיו , ועוד שאלות אבחוניות המובילים לאבחון וטיפול בגורמי השורש למחלה על מנת לחזור לשביל הבריאות.
זוהי גישה לטיפול שרואה את הבריאות ואת המחלה כחלק מרצף מתמשך, כאשר למחלה כרונית, קודמת בדרך כלל תקופה של ירידה בתפקוד באחד או יותר ממערכות הגוף.

שיקום הבריאות מחייב תיקון וטיפול בתפקוד המערכות שנפגעו והחזרת האיזון בין המערכות השונות. רפואה פונקציונלית מעוגנת בגישה מדעית מותאמת אישית, ממוקדת מטופל, המסתמכת על ההבנה המקצועית לגבי הגורמים הגנטיים, הסביבתיים, הביוכימיים ואורח החיים הייחודי של כל אדם.